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南京市中醫(yī)院（南京中醫(yī)藥大(dà)學附屬南京中醫(yī)院、南京市中醫(yī)藥研究所）成立于1956年，現(xiàn)有2個院區(qū)：大(dà)明(míng)路院區(qū)、夫子廟院區(qū)；3個分院（緊密型醫(yī)聯體）：浦口分院（南京市浦口區(qū)中醫(yī)院）、高(gāo)淳分院（南京市高(gāo)淳中醫(yī)院）、濱海分院（鹽城(chéng)市濱海縣中醫(yī)院）。現(xiàn)占地面積92畝，建築面積31.1萬㎡，編制床位1500張，現(xiàn)在職職工(gōng)1915人，其中衛技人員1718人，高(gāo)級職稱517人，碩博士476人。
南京市中醫(yī)院是新中國成立最早的中醫(yī)醫(yī)院之一，醫(yī)院科室設置完善，發展到(dào)現(xiàn)在已是一所中醫(yī)特色明(míng)顯，集醫(yī)療、教學、科研、預防保健、康複和(hé)急救功能(néng)爲一體的、具有中國傳統文(wén)化特色的花(huā)園式、現(xiàn)代化大(dà)型三級甲等中醫(yī)醫(yī)院。是全國肛腸醫(yī)療中心、國家級區(qū)域診療中心，現(xiàn)有國家級重點學科1個（中醫(yī)肛腸病學），國家級重點專科7個；江蘇省重點學科1個（中醫(yī)腦(nǎo)病學），江蘇省重點專科8個；南京市重點專科16個。醫(yī)院有全國中醫(yī)師承指導老(lǎo)師5人，省、市級名中醫(yī)、名中西醫(yī)結合專家70人；設有國家級名中醫(yī)工(gōng)作(zuò)室5個、省級名中醫(yī)工(gōng)作(zuò)室6個、市級名中醫(yī)工(gōng)作(zuò)室27個、國家及省級名中醫(yī)工(gōng)作(zuò)室基層工(gōng)作(zuò)站(zhàn)4個、市級名中醫(yī)工(gōng)作(zuò)室基層工(gōng)作(zuò)站(zhàn)24個。設立院士工(gōng)作(zuò)站(zhàn)、江蘇省研究生工(gōng)作(zuò)站(zhàn)、江蘇省博士後創新實踐基地、南京市中醫(yī)藥現(xiàn)代化與大(dà)數據研究中心、南京市中醫(yī)藥轉化醫(yī)學基地、南京市普外(wài)科臨床醫(yī)學中心、南京市醫(yī)學重點實驗室、南京市臨床生物資源樣本庫等。
醫(yī)院擁有院内自(zì)制制劑122種。擁有國家級非物質文(wén)化遺産代表性項目：丁氏痔科醫(yī)術；江蘇省非物質文(wén)化遺産項目：“洪氏眼科”“金(jīn)陵中醫(yī)推拿術”；與多名國醫(yī)大(dà)師、國醫(yī)名師達成合作(zuò)協議(yì)；融入“一帶一路”戰略部署，與美(měi)國、比利時(shí)等多所大(dà)學開(kāi)展院校間科研、教學、人才培養全面合作(zuò)；與白(bái)俄羅斯莫吉廖夫市中心醫(yī)院合作(zuò)設立“中國—白(bái)俄羅斯（莫吉廖夫市）傳統醫(yī)學中心”，提供中醫(yī)診療服務，傳播中醫(yī)文(wén)化；在全國率先創立多專業一體化診療平台，并作(zuò)爲典範向全國推廣建設經驗。
2021年，醫(yī)院榮登中華中醫(yī)藥學會(huì)“2021年度中醫(yī)醫(yī)院學科（專科）學術影響力”中醫(yī)肛腸病學全國排行榜第二名；肛腸科、腦(nǎo)病科被評爲“2021屆中國中醫(yī)醫(yī)院最佳臨床型專科”。獲批1個省級臨床醫(yī)學中心—“江蘇省中醫(yī)肛腸疾病臨床醫(yī)學創新中心”，獲批2個市級臨床研究中心—南京市中西醫(yī)結合疫病研究中心、南京市中西醫(yī)結合心血管病研究中心。
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